Heydər Əliyev 1987-ci ilin oktyabrında Sovet İttifaqı Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsi Siyasi Bürosunun və şəxsən Baş katib Mixail Qorbaçovun yeritdiyi siyasi xəttə etiraz əlaməti olaraq, tutduğu vəzifələrdən istefa vermişdir.
Heydər Əliyev 1990-cı ilin 20 yanvarında sovet qoşunlarının Bakıda törətdiyi qanlı faciə ilə əlaqədar ertəsi gün Azərbaycanın Moskvadakı nümayəndəliyində bəyanatla çıxış edərək, Azərbaycan xalqına qarşı törədilmiş cinayətin təşkilatçıları və icraçılarının cəzalandırılmasını tələb etmişdir. O, Dağlıq Qarabağda yaranmış kəskin münaqişəli vəziyyətlə bağlı SSRİ rəhbərliyinin ikiüzlü siyasətinə etiraz əlaməti olaraq, 1991-ci ilin iyulunda Sovet İttifaqı Kommunist Partiyasının sıralarını tərk etmişdir.
1990-cı ilin iyulunda Azərbaycana qayıdan Heydər Əliyev ilk əvvəl Bakıda, sonra isə Naxçıvanda yaşamış, həmin ildə də Azərbaycan Ali Sovetinə deputat seçilmişdir. O, 1991-1993-cü illərdə Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin sədri, Azərbaycan Respublikası Ali Soveti sədrinin müavini olmuşdur. Heydər Əliyev 1992-ci ildə Yeni Azərbaycan Partiyasının Naxçıvan şəhərində keçirilmiş təsis qurultayında partiyanın sədri seçilmişdir.
1993-cü ilin may-iyununda hökumət böhranının son dərəcə kəskinləşməsi ilə ölkədə vətəndaş müharibəsinin baş verməsi və müstəqilliyin itirilməsi təhlükəsi yarandıqda Azərbaycan xalqı Heydər Əliyevin hakimiyyətə gətirilməsi tələbi ilə ayağa qalxdı. Azərbaycanın o zamankı rəhbərləri Heydər Əliyevi rəsmən Bakıya dəvət etməyə məcbur oldular. Heydər Əliyev 1993-cü il iyunun 15-də Azərbaycan Ali Sovetinin sədri seçildi, iyulun 24-də isə Milli Məclisin qərarı ilə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin səlahiyyətlərini həyata keçirməyə başladı.
1993-cü il oktyabrın 3-də ümumxalq səsverməsi nəticəsində Heydər Əliyev Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçildi. O, 1998-ci il oktyabrın 11-də xalqın yüksək fəallığı şəraitində keçirilən seçkilərdə səslərin 76,1 faizini toplayaraq, yenidən Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçilmişdir. 2003-cü il oktyabrın 15-də keçirilən prezident seçkilərində namizədliyinin irəli sürülməsinə razılıq vermiş Heydər Əliyev səhhətində yaranmış problemlərlə əlaqədar seçkilərdə iştirak etməkdən imtina etmişdir.
Heydər Əliyev bir sıra beynəlxalq mükafatlara, müxtəlif ölkələrin universitetlərinin fəxri doktoru adına və digər yüksək nüfuzlu fəxri adlara layiq görülmüşdür. O, dörd dəfə Lenin ordeni, Qırmızı Ulduz ordeni və çoxlu medallarla təltif edilmiş, iki dəfə Sosialist Əməyi Qəhrəmanı adını almış, bir çox xarici dövlətlərin orden və medalları ilə təltif olunmuşdur.
Azərbaycanın son otuz ildən artıq bir dövrünü əhatə edən tarixi taleyi Heydər Əliyevin adı ilə qırılmaz tellərlə bağlıdır. Bu illər ərzində xalqın ictimai-siyasi, iqtisadi və mədəni həyatının bütün sahələrində dirçəliş məhz onun adı ilə əlaqədardır.
Heydər Əliyev rəhbərlik etdiyi bu dövr ərzində daim tərəqqisi üçün çalışdığı, zəngin mədəniyyəti, böyük tarixi keçmişi ilə həmişə qürur duyduğu və gələcək nəsillərinin taleyi üçün düşündüyü doğma yurdu Azərbaycanı bir dövlət kimi zamanın ağır və sərt sınaqlarından çıxarmışdır.
O, böyük siyasi və dövlət xadimi, xalqın şəksiz lideri olaraq hələ sağlığında canlı əfsanəyə çevrilmiş, buna görə də Heydər Əliyev fenomeni həmişə diqqətləri cəlb etmiş, dünya azərbaycanlılarının bu ümummilli liderinin heyranlıq doğuracaq dərəcədə coşğun siyasi fəaliyyəti istər ölkə, istərsə də dünya mətbuatında geniş işıqlandırılmışdır.
Azərbaycan xalqı milli dövlətçiliyinin dağılmaq təhlükəsi qarşısında qaldığını gördüyü və artıq ən ağır günlərini yaşadığı bir zamanda - 1993-cü ilin iyununda mövcud hakimiyyətin dəyişilməsini təkidlə tələb etmiş və həmin vaxtdan taleyini yenə Heydər Əliyevə etibar etmişdir. Xalqının belə dar bir gündə qaldığını görüb onun təkidli dəvətini qəbul edən Heydər Əliyev Azərbaycanda yenidən böyük siyasətə qayıtmışdı. Xalq Heydər Əliyevin bu qayıdışını ümid və sevinclə qarşılamış, həmin günü isə Milli Qurtuluş günü kimi müstəqil Azərbaycanın tarixinə yazmışdır.
1967-1977-ci illərdə Bakı şəhərində orta məktəbdə oxumuşdur.
1977-ci ildə orta məktəbi bitirdikdən sonra Moskva Dövlət Beynəlxalq Əlaqələr İnstitutuna (MDBƏİ) daxil olmuşdur.
MDBƏİ-ni bitirdikdən sonra 1982-ci ildə Moskva Dövlət Beynəlxalq Əlaqələr İnstitutunun aspiranturasına daxil olmuşdur.
1985-ci ildə həmin institutu bitirdikdən sonra beynəlxalq münasibətlər və tarix elmləri üzrə elmlər namizədi dərəcəsi almışdır.
1985-1990-cı illərdə Moskva Dövlət Beynəlxalq Əlaqələr İnstitutunda müəllim işləmişdir.
1991-1994-cü illərdə Moskva və İstanbul şəhərlərində özəl biznes sahəsində çalışmışdır.
1994-cü ilin may ayında Azərbaycan Respublikası Dövlət Neft Şirkəti Prezidentinin 1-ci müavini təyin olunmuşdur.
1995-ci ildən etibarən Azərbaycan Respublikası Milli Məclisinə üzv seçilmişdir.
1997-ci ildən etibarən Azərbaycanın Milli Olimpiya Komitəsinin Prezidentidir.
1999-cü ildə hakim Yeni Azərbaycan Partiyası sədrinin müavini, 2001-ci ildə isə sədrin birinci müavini seçilmişdir.
2001-2003-cü illərdə Avropa Şurası Parlament Assambleyasında (AŞPA) Azərbaycan Respublikası Milli Məclisinin nümayəndə heyətinin rəhbəri olmuşdur.
2003-cü ilin yanvarında Avropa Şurası Parlament Assambleyası sədrinin müavini, AŞPA-nın Büro üzvü seçilmiş, 2004-cü ilin aprelində isə AŞPA-nın fəaliyyətində fəal iştirakına və Avropa ideallarına sədaqətinə görə AŞPA-nın fəxri üzvü diplomu və AŞPA medalı ilə təltif edilmişdir.
2003-cü il avqustun 4-də Milli Məclis tərəfindən təsdiq edildikdən sonra Azərbaycan Respublikasının Baş naziri təyin edilmişdir.
2003-cü il oktyabrın 15-də Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçilmişdir.
2003-cü il oktyabrın 31-də vəzifəsinin icrasına başlamışdır.
Azərbaycan, rus, ingilis, fransız və türk dillərini mükəmməl bilir.
Evlidir. Üç övladı - oğlu və iki qızı var.
1982-ci ildə Bakı şəhəri 23 №-li orta məktəbi qızıl medalla bitirərək N.Nərimanov adına Azərbaycan Dövlət Tibb İnstitutunun müalicə-profilaktika fakültəsinə daxil olmuşdur.
1988-ci ildə M.Seçenov adına 1-ci Moskva Dövlət Tibb İnstitutunu fərqlənmə diplomu ilə bitirmişdir.
1988-1992 illər ərzində Moskvada akademik Krasnovun rəhbərliyi altında Göz Xəstəlikləri Elmi-tədqiqat İnstitutunda işləmişdir.
1995-ci ildə Mehriban Əliyevanın təşəbbüsü ilə hal-hazırda onun rəhbərlik etdiyi Azərbaycan Mədəniyyətinin Dostları Fondu təsis olunmuşdur.
1996-cı ildə Mehriban Əliyeva Azərbaycan mədəniyyətinin geniş təbliğ olunması məqsədilə üç dildə (Azərbaycan, ingilis və rus) çap olunan "Azərbaycan - İrs" jurnalını təsis etmişdir.
2002-ci ildə Mehriban Əliyeva Azərbaycan Gimnastika Federasiyasının prezidenti seçilmiş və həmin vəzifədə özünü gözəl təşkilatçı kimi nümayiş etdirmişdir. Onun beynəlxalq aləmdə artmaqda olan nüfuzu Beynəlxalq Gimnastika Federasiyasının Bədii Gimnastika üzrə 2003 və 2004-cü il Dünya Kuboku yarışlarının və 2005-ci il Dünya Çempionatının Azərbaycanda keçirilməsinə dair qərarın qəbul olunmasında həlledici rol oynamışdır.
Mehriban Əliyeva Azərbaycan xalqının ümummilli liderinin zəngin irsinin öyrənilməsi və həmçinin Heydər Əliyevin yaratdığı milli dövlətçilik ideyalarını yeni nəsillərə daim aşılamaq məqsədi ilə yaradılan Heydər Əliyev Fonduna rəhbərlik edir. 2004-cü il may ayının 10-da Heydər Əliyev Fondunun rəsmi açılışı olmuşdur.
2004-cü il avqustun 13-də Azərbaycanın şifahi xalq ədəbiyyatının və musiqi irsinin qorunub saxlanılması və inkişaf etdirilməsi sahəsindəki yorulmaz səylərinə görə Mehriban Əliyeva YUNESKO-nun Xoşməramlı səfiri adına layiq görülmüşdür.
2004-cü il dekabrın 28-də Mehriban Əliyeva Azərbaycan Respublikası Milli Olimpiya Komitəsinin IV Baş Məclisində MOK-un İcraiyyə Komitəsinə üzv seçilmişdir.
2004-cü ildən Yeni Azərbaycan Partiyası Siyasi Şurasının üzvüdür.
2005-ci ildə Azərbaycanda keçirilən sosioloji sorğuya əsasən Mehriban Əliyeva "İlin qadını" adına layiq görülmüşdür.
2005-ci il iyunun 9-da ictimai, mesenatlıq və xeyriyyəçilik fəaliyyətinə görə, təhsil və mədəniyyət müəssisələrinin dəstəklənməsinə, Rusiya və Azərbaycan xalqları arasında dostluğun möhkəmlənməsinə sanballı töhfələrinə görə Rusiyanın "Yüzilliyin mesenatları" Beynəlxalq Xeyriyyə Fondunun "Yaqut Xaç" ordeninə layiq görülmüşdür.
2005-ci ildə fəlsəfə elmləri namizədi alimlik dərəcəsi almışdır.
2005-ci il noyabrın 6-da Milli Məclisə keçirilən seçkilərdə namizədliyi Yeni Azərbaycan Partiyası tərəfindən 14 saylı Əzizbəyov ikinci seçki dairəsindən irəli sürülmüş Mehriban Əliyeva 92.12% (23106 səs) səs toplayaraq deputat seçilmişdir.
Milli Qəhrəman Çingiz Mustafayev Fondu və ANS Şirkətlər Qrupu ölkəmizin təhsil sisteminin inkişafında xidmətlərinə, milli mədəni irsimizin qorunub saxlanılmasına və dünyada təbliğinə, xarici ölkələrdə xalqımızın müsbət imicinin möhkəmlənməsi üçün gördüyü işlərə, bədii gimnastika üzrə 27-ci dünya çempionatının respublikamızda yüksək səviyyədə hazırlanıb keçirilməsinə, genişmiqyaslı xeyriyyəçilik fəaliyyətinə görə Mehriban Əliyevanı "2005-ci ilin adamı" elan etmişdir.
Sivilizasiyalararası dialoq daxil olmaqla, müxtəlif sahələrdə genişmiqyaslı və fədakar fəaliyyətinə, qayğıya ehtiyacı olan uşaqlara diqqətinə, onların yaşayış şəraitinin yaxşılaşmasına, təhsilə, həmçinin islam aləmində görülən işlərə böyük dəstəyinə görə Mehriban Əliyeva 2006-cı il noyabrın 24-də İSESKO-nun Xoşməramlı səfiri adına layiq görülmüşdür.
Dünya Səhiyyə Təşkilatı (DST) İcraiyyə Komitəsinin 2007-ci il yanvarın 29-da Cenevrədə keçirilən 120-ci sessiyasının yekdil qərarı ilə Mehriban Əliyeva ana, uşaq və ailə sağlamlığının qorunması və möhkəmlənməsi işində müstəsna xidmətlərinə görə bu beynəlxalq təşkilatın mükafatına layiq görülmüşdür.
Genişmiqyaslı xeyriyyəçilik fəaliyyətinə, bəşəriyyətin ali ideallarına xidmət sahəsində yüksək nailiyyətlərinə görə görə 2007-ci ilin mayında Mehriban Əliyeva "Qızıl ürək" beynəlxalq mükafatına layiq görülmüşdür.
Ailəlidir, iki qızı, bir oğlu var.